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本发明涉及分子检测领域，特别地关于用于鉴别杂交棉品种中棉1279的SSR引物对及其产品以及鉴别方法。用于鉴别杂交棉品种中棉1279的SSR引物对，包括以下中的任一种或多种：NAU2836上下游引物、BNL3255上下游引物、NAU1233上下游引物、NAU2671上下游引物、NAU1070上下游引物、CIR043上下游引物、BNL1154上下游引物、NAU3675上下游引物。本发明以共设计182对...
中国农业科学院棉花研究所专利：用于龟纹瓢虫多样性分析的SSR引物及应用
龟纹瓢虫 多样性分析 SSR引物
2024/5/11
本发明提供一套用于龟纹瓢虫多样性分析的SSR引物，所述SSR引物选自以下19对引物pro444、pro524、pro3422、pro4078、pro3621、pro3595、pro6393、pro8136 3、pro8823、pro1546、pro1582、pro5238、pro1517、pro1600、pro523、pro322 2、pro3848、pro5087和pro8461中的至少一个。本...
中国农业科学院棉花研究所专利：用于构建中棉所50指纹图谱的SSR引物及其应用
中棉所50 指纹图谱 SSR引物
2024/4/22
本发明公开了用于构建中棉所50指纹图谱的SSR引物及其应用，属于中棉所50的分子生物学鉴定领域。本发明根据GenBank dbEST数据库及专业棉花数据库CMD上释放获得的棉花EST序列数据设计并初步筛选获得268对SSR引物。本发明在上述268对引物中筛选获得106对具有差异效果的引物。本发明进一步对上述106对引物进行筛选，选出差异较为稳定、多态性好的15对核心引物，加上一对Bt基因特异引物，...
中国农业科学院棉花研究所专利：用于构建陆地棉品种指纹图谱的SSR引物及其应用
陆地棉品种 指纹图谱 SSR引物
2024/4/22
本发明公开了用于构建陆地棉品种指纹图谱的SSR引物及其应用，属于陆地棉品种的分子生物学鉴定领域。本发明根据GenBank dbEST数据库及专业棉花数据库CMD上释放获得的棉花EST序列数据设计并初步筛选获得268对SSR引物。本发明利用中棉所6个杂交种的6对亲本对所设计引物的扩增效果进行筛选，结果其中有106对引物具有差异效果。本发明进一步对上述106对引物进行筛选，选出差异较为稳定、多态性好的...
南京农业大学专利：一种基于转录组测序开发山茶属植物SSR引物的方法
南京农业大学 转录组测序 山茶属植物 SSR引物
2023/12/5
本发明提供一种基于转录组测序开发山茶属植物引物的方法：以茶树叶片为材料进行cDNA库的构建和illumina测序，经过滤和从头组装后获得转录组数据。使用MISA、SSR Hunter完成位点搜索，并对包含SSR位点的序列进行生物信息学分析。以此为据进行SSR分子标记引物的开发，利用开发的引物对部分山茶属植物材料进行遗传多样性分析。本发明成功设计38对引物，经多态性筛选最终获得16对多态性引物，利用...
杨梅基因组SSR引物的开发与应用
杨梅 基因组 SSR
2019/3/5
基于杨梅（Myrica rubar Sieb. et Zucc.）基因组序列信息，研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点。共发掘到二至六核苷酸SSR位点43 842个，分布在623条scaffold中，共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个，占总SSR的82.99%；AG/CT的出现频率最高，为55.70%，占总SSR位点的46.23%。三核苷酸SSR位点有6 ...
建立方法简便、分辨率高的水稻品种遗传多态性和真实性鉴定的分子指纹技术对于指导水稻育种和规范种子市场都具有重要意义。农业部颁布的水稻品种鉴定技术规程行业新标准是基于35个不同遗传特点的代表性水稻品种建立的SSR分子标记技术规程。本研究根据该标准方法，对94份杂交水稻亲本材料的遗传多态性和特异性进行了比较分析，结果表明，供试品种间至少具有3对以上引物扩增的DNA片段差异，即利用该标准能很好地区分供试杂...
绿豆基因组SSR引物在豇豆属作物中的通用性
豇豆属 SSR 通用性
2012/2/22
分子标记的种间通用性可降低其开发成本，提高利用效率，也有助于促进遗传研究较薄弱物种的分子遗传学研究。本文选取绿豆、小豆、豇豆及饭豆材料各3份, 分析1 205对新开发的绿豆基因组SSR引物在这些材料中的扩增效果，结果显示绿豆基因组SSR引物在豇豆、小豆和饭豆中的通用性比率分别为50.0%、73.3%和81.6%；多态性比率分别为4.1%、1.7%和1.5%；在4个种间均通用的引物469对。这些通用...
禾本科芒属植物具有在边际性土地(marginal land)上驯化成为高产能源作物的巨大潜力, 其中尼泊尔芒(Miscanthus nepalensis)和双药芒(M. nudipes)两个双药芒组物种分布于喜马拉雅–横断山地区, 是具有耐寒及抗旱特性的优良种质资源。为了了解其遗传多样性和群体遗传结构，需要筛选出有效的分子标记。目前在适用于核心芒属植物群体遗传学分析的42对SSR引物中, 有23对...
同科植物SSR引物在烟草遗传差异分析中的应用研究
烟草 SSR标记 遗传差异
2015/8/21
为丰富分子标记类型，加速烟草种质资源遗传多样性的研究利用，从番茄、辣椒的SSR引物中选择22对SSR引物，用遗传差异较大的14个烟草材料筛选引物，应用筛选出的引物对24份烤烟材料进行扩增，分析其遗传差异性。22对SSR引物中筛选出8对重复性好、多态性高的引物。8对引物在24份烤烟材料中共检测到98条遗传多态性带，引物多态信息量变化范围为0.451～1，平均0.646。品种间的遗传相异系数变异范围为...
小豆SSR引物在绿豆基因组中的通用性分析
小豆 绿豆 SSR 可转移性
2009/11/2
分析了187对小豆SSR引物在绿豆基因组中的可转移性, 以期为绿豆分子遗传育种研究提供分析工具。结果表明，约75%的小豆SSR引物可在绿豆中有效扩增，但不同小豆连锁群SSR引物的可转移率存在差异。多态性分析发现80对引物中有29对在60份绿豆种质中可以检测到多态性, 等位变异数从2~7不等，平均为2.9, PIC指数从0.02~0.69，平均为0.36。UPGMA聚类及主坐标分析表明, 尽管同一省...
羽叶金合欢的DNA 提取和SSR 引物筛选
羽叶金合欢 DNA 提取 SSR 引物筛选
2009/5/22
利用SSR 分子标记对羽叶金合欢( Acacia pennata) 的野生种和栽培种进行了分析, 利用改良的CTAB方法优化了其总DNA 的提取方法, 并优化了PCR 扩增条件。从已有的金合欢属植物的82 对SSR 引物中筛选出多态性高, 稳定性好的12 对引物作为羽叶金合欢的SSR 分析引物, 为进一步对其进行遗传多样性研究提供了依据。
开发SSR引物方法之研究动态Research Progress of Methods of SSR Primers Development
SSR标记 SSR引物 开发SSR引物 SSR引物的可转移性
2008/1/8
摘要
SSR标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术，是进行群体遗传结构分析、构建遗传连锁图谱非常有效的工具。由于SSR标记是特异引物标记，必须在知道某个物种DNA序列的前提下，才能设计引物进行PCR扩增，故而存在一个引物开发的问题。从SSR标记的发展历程来看，开发SSR引物的方法有经典的构建与筛选基因组文库的方法、微卫星富集法、省略筛库法和数据库搜索法等四种。本文综述了这四种方法的操作流...
从小麦EST序列中开发新的SSR引物
EST SSR-ESTs cSSR引物 小麦
2007/12/14
小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源，本实验从国际小麦族EST协作网（ITEC）上公布的10 380条EST序列中检索到444条含有SSR的序列，检出率为4.1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR-ESTs分别为34条（7.7%）和347条（78.0%）。利用这些SSR-ESTs序列共设计135对cSSR引物，其中82对在小麦上有扩增产物，占所设计引物总...
海岛棉EST-SSR引物的开发与应用研究
海岛棉 表达序列标签(EST) 简单序列重复(SSR) 遗传多样性 遗传连锁图
2013/10/9
现有的棉花EST-SSR引物大都开发于中棉和陆地棉, 尚没有海岛棉EST-SSR开发研究的报道. 本研究从实验室构建的海岛棉纤维发育的cDNA文库中先取98条EST序列设计了119对EST-SSR引物. 在这些SSR中, 三核苷酸重复基序AAG含量最为丰富, 达11.76%. 用36份材料(13份A基因组二倍体材料, 11份D基因组二倍体材料和12份AD基因组异源四倍体材料)评价新EST-SSR引...