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在本报告中,玄教授将从超图的定义讲起,系统梳理超图理论发展的背景及历史脉络;介绍涉及到的主要数学原理及一些关键的理论支撑,在此基础上介绍能够挖掘高阶关联性、具有强大功能的超图学习方法,包括超图建模方法、超图深度学习等;最后通过两个应用案例的介绍,尤其是生物网络中的一个例子---探索超图上的复杂和异质关联以预测药物与目标的相互作用,以展示超图学习的方法。整个报告将穿插数学与信息科学交叉研究的一些思想...
刘嵘明教授以设计与构建可预测的细胞工厂为目标,系统开展了新型CRISPR基因编辑核酸酶的半理性定向进化、可迭代可跟踪高通量CRISPR基因组编辑工程策略开发、高效细胞工厂构建的研究。获得了可应用于不同生物体系的高精度、高效率、低脱靶效应的基因编辑工具酶。开发了高通量基因组编辑策略,对理性或半理性设计的生物元件进行高通量构建、筛选以及基因型-表型的快速表征,构造了系列具有特定功能的细胞工厂。
人们对蛋白质的需求量不断攀升,而动物性蛋白的生产对粮食和环境造成巨大压力。食用菌是优质蛋白质来源之一,体现在蛋白质含量高,氨基酸种类齐全,且各氨基酸组成比例较为理想、消化率范围合理等方面。同时我国是食用菌生产大国,在菌菇蛋白利用方面具有较好的原料基础,所以发掘具有较高蛋白质利用价值的食用菌资源具有重要意义。双孢蘑菇(Agaricus bisporus)是全世界产量最高的食用菌种类,其蛋白质含量在所...
A novel strategy to finely control a large metabolic flux by using a “metabolic transistor” approach was established. In this approach a small change in the level or availability of an essential compo...
芳香族氨基酸衍生物是医药、保健品和化妆品的重要成分。尽管酿酒酵母具有自然合成酪醇的能力,但从头合成高产量的酪醇、羟基酪醇和红景天苷等芳香族氨基酸衍生物仍然是一个挑战。在这里,我们首先改造优化了基因编辑工具,继而使用优化的编辑工具利用代谢工程策略来构建酿酒酵母菌株,实现从葡萄糖高水平地生产酪醇、红景天苷和羟基酪醇。此外,我们还发现了新的代谢节点,通过辅因子平衡调控等组合改造策略,实现了酪醇、羟基酪醇...

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