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一种木糖苷酶Xyl_S及其编码基因与应用，该木糖苷酶的氨基酸序列如SEQ?ID?NO.2所示，其核苷酸编码序列如SEQ?ID?NO.1所示。该酶可以采用基因工程方法或者人工合成方法制备，具有β-木糖苷水解酶和β-葡萄糖苷酶双重活性，可以特异性地水解相应的木糖苷键和葡萄糖苷键，可广泛用于化工、食品、生物能源、医药工业方面等应用领域。