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天然产物化学研究中心的前身是广西植物研究所植物化学研究室,于1959年由中国科学院上海有机化学所帮助建立。2002年,以植物化学研究室为主要载体整合组建的广西植物活性物质研究与开发中心被广西科技厅认定为广西科技创新金源单位,并于2010年10月批准认定为广西壮族自治区重点实验室(广西植物功能物质研究与利用重点实验室)。2013年更改为现名并沿用至今。

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