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中国科学院昆明分院基于黄杞RAD-seq数据重建海南岛与大陆生物古地理格局（图）
数据 古地理 进化过程
2024/8/16
岛屿作为探索生物进化过程、动态变化与地理分布格局的“天然实验室”，自华莱士和达尔文时代就备受瞩目；尤其是大陆架岛屿与邻近大陆之间的物种联系，对于深入理解两者的生物进化过程至关重要。海南岛是中国南海北部最大的大陆架岛屿，西隔北部湾与越南东岸相望，其北则通过琼州海峡与中国大陆的雷州半岛隔海相望。这样的地理位置赋予了海南岛在探索生物古地理格局方面非凡的科研价值，使其成为探索生物地理分布格局的理想之地。
中国科学院西双版纳热带植物园（以下简称“版纳植物园”）植物系统发育与多样性保护研究组选取黄杞（Engelhardia roxburghiana）为研究物种，利用生物信息学软件STACKS，探索使用不同参考基因组对SNP Calling的影响。该研究围绕两种不同参考基因组：使用近缘种（即枫杨：Pterocarya stenoptera）作为参考基因组，以及利用物种本种（即黄杞）作为参考基...
中国科学院昆明分院不同参考基因组对RAD-seq分析中SNP Calling的影响（图）
基因 分析 群体进化
2024/5/26
随着新一代测序技术兴起，基于酶切的简化基因组测序（Restriction-site associated DNA sequencing，RAD-seq）由于不受参考基因组的限制，成为快速获取生物高密度单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）的主流手段，被广泛运用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化分析等研究中。尽管在RAD-seq分析中对S...
随着新一代测序技术兴起，基于酶切的简化基因组测序（Restriction-site associated DNA sequencing，RAD-seq）由于不受参考基因组的限制，成为快速获取生物高密度单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）的主流手段，被广泛运用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化分析等研究中。尽管在RAD-seq分析中对S...
本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记，通过计算遗传统计量，比较分析两个群体的遗传差异。结果，经过两步数据质控，在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个，两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8，群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6...
RAD-seq技术在基因组研究中的现状及展望
RAD-seq 基因组 遗传图谱 SNP 双酶系统的RAD(ddRAD)测序
2014/2/5
Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-seq)技术是在二代测序基础上发展起来的一项基于全基因组酶切位点的简化基因组测序技术。该方法技术流程简单, 不受有无参考基因组的限制, 可大大简化基因组的复杂性, 减少实验费用, 通过一次测序就可以获得数以万计的多态性标记。目前, RAD-seq技术已成功应用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位、...
